Struktura głównego ołtarza, czyli Capilla Mayor związana jest z wyidealizowanym przedstawieniem Świątyni Salomona. Za jego budowę odpowiedzialny był w latach 1550-1580 hiszpański mistrz Diego de Vergara a za zdobienia w latach 1582-1588 César Arbasia, włoski malarz. Składa się z części górnej i dolnej. Dolna to arkady wsparte na filarach a na nich kolumny korynckie. Pomiędzy znajduje się pięć fresków dotyczących męki Chrystusa, od lewej: Jezusa przed Annaszem, Modlitwę w ogrodzie, Instytucję Eucharystii, Jezusa przed Piłatem i Biczowanie. Kolumny zakończone są belkami z popiersiami postaci biblijnych: Abrahama z Izaakiem, Świętego Jana Chrzciciela, Mojżesza i Dawida oraz ojców kościoła: Świętego Augustyna, Świętego Ambrożego, Świętego Grzegorza i Świętego Hieronima. Górna część to okrągła arkada wsparta na filarach z wykonanymi z kamienia rzeźbami męczenników: San Ciriaco, San Lorenzo, San Sebastian, San Esteban, Santa Catalina, Santa Inés, Santa Eufemia i Santa Paula. Na środku głównej kaplicy znajduje się tabernakulum w neoklasycznym stylu. Zaprojektowane w XIX wieku przez architekta Francisco Enríqueza Ferrera, zostało wykonane przez rzeźbiarza José Frapolli Pelli, a opłacone przez rodziny XIX-wiecznej burżuazji z Malagi: Loring i Lariosa. Po obu stronach prezbiterium znajdują się ambony zaprojektowane przez Fraya Juana Bautistę i wykonane w latach 1674-1677 przez kamieniarza Melchora Aguirre z czerwonego marmuru.
W Katedrze znajdują się trzy nawy, wszystkie o wysokości 38 metrów, oddzielone półkolistymi łukami, spoczywają na zaokrąglonych filarach cokołu w kształcie krzyża, z dołączonymi kolumnami o porządku korynckim. Nawa środkowa ma 16 metrów szerokości. Nawy boczne o 5 metrów węższe: Ewangelii, po lewej i Listu, po prawej to typowy element romańskich katedr pielgrzymkowych, jak Santiago de Compostela. W Katedrze znajduje się 15 kaplic: Capilla del Cristo del Apmaro, Capilla del Pilar, Capilla de La Encarnación, Capilla de Santa Bárbara, Capilla de San Francisco, Capilla de la Inmaculada Concepción, Capilla de la Virgen del Rosario, Capilla del Sagrado Corazón, Capilla de los Caídos, Capilla de San Sebastián, Capilla de San Rafael, Capilla de San José. Każda z centralnym ołtarzem, ozdobiona rzeźbami, obrazami, grobowcami oraz witrażami. Jednym z najbardziej reprezentacyjnych elementów Katedry jest barokowy chór. Budowa ław chóru rozpoczęła się w 1590 roku a zakończyła w 1662. Wykonany z drewna cedrowego, mahoniowego i amerykańskiego caobilla. Architektów biorących w tym projekcie było wielu, między innymi rzeźbiarz z Sewilli Luis Ortiz de Vargas (1633-1638) współtwórca facistolu stojącego po środku chóru, José Micael Alfaro (do 1650) twórca popiersi herbów i większości apostołów, Pedro de Mena (1658-1662) odpowiedzialny za ukończenie dzieła. Nad chórem po obu stronach znajdują się organy, dzieło Julián de la Orden i José Martín de Aldehuela. Styl wykonania nawiązuje do okresu między rokokiem a noeklasycyzmem z dominującymi barwami złota i zieleni, rzeźb aniołów trębaczy i dekoracjami roślinnymi.