Badania archeologiczne wskazują Malagę jako pierwszy fenicki port w basenie Morza Śródziemnego datowany na VIII wiek p.n.e i drugi port Hiszpanii po Kadyksie. Z tego okresu pochodzi też pierwsze nazewnictwo miasta, czyli dawna Malaka, osada zlokalizowana u podnóża góry Gibralfaro i w dolinie rzeki Guadalhorce.
Bogactwo ziemi w minerały, masowe rolnictwo oparte na dobroczynnych warunkach naturalnych oraz gościnność mieszkańców spowodowały szybki rozwój miasta, w którym port grał kluczową rolę w handlu. Intensyfikacja procesu nastąpiła dzięki ekspansji Cesarstwa Rzymskiego na dzisiejszym terytorium Hiszpanii. Po jego upadku i wraz z przejęciem ziem przez Wizygotów Malaga i jej działalność portowa mocno podupadła. Aż do 711 roku, czyli ery muzułmańskiej, której najsilniejsze ślady Malaga nosi do dziś.
Wraz z inwazją armii Tarika, Malaga ponownie zajmuje należne jej miejsce na liście portów śródziemnomorskich, stając się pomostem między Półwyspem a Afryką, nazywana też bramą do Królestwa Nasrydów w Granadzie. Z jednego z najbardziej aktywnych portów w basenie Morza Śródziemnego towarami na eksport były migdały, wino, oliwa i skóry. Ponownie świetnie prosperowały przetwórnie rybne, z których produkty cenione były na wszystkich europejskich dworach, jak sos garo. Rozwój żeglarstwa i handlu wymógł na Maladze powstanie atrarazanas, czyli arabskich stoczni, których pozostałości kryje centralny targ miejski Mercado Atarazanas. Od 1487 roku, gdy wojska monarchów katolickich przybyły do Malagi, miasto otworzyło się na handel z Indiami dorównując Sewilli w handlu z Ameryką. W 1545 roku zdecydowano o budowie pierwszego w historii molo, które ze względu na warunki naturalne wielokrotnie było niszczone. W XVI i XVII wieku gdy Malaga zmagał się z licznymi powodziami, a port był niedostępny, zdecydowano o budowie ponad 500 wałów ochronnych. Inwestycja przyniosła korzyść dla królewskiej marynarki wojennej. Pozostałości muru portowego z XVII wieku zobaczyć można między innymi w podziemnym parkingu pod Plaza de la Marina.